کمیسیون‌ها به عنوان هسته‌های تخصصی اتاق مورد مشورت هیئت نمایندگان و هیئت رئیسه قرار می‌گیرند و محیط کسب و کار را در حوزه تخصصی خود پایش و گزارش‌ها و پیشنهادهای خود را به دو مرجع فوق ارائه می‌کنند. کمیسیون های تخصصی از طریق انتخاب و بکارگیری مشاور و کارشناسان خبره و همچنین برگزاری نشست های کارشناسی و هم اندیشی زمینه حضور اساتید و صاحب نظران مختلف را در کنار فعالین بخش خصوصی فراهم می آورد تا علاوه بر شناسایی مشکلات محیط کسب و کار بهترین راهکار را جهت رفع موانع موجود ارائه دهند.